Dárcio Guedes Júnior é graduado em Tecnologia de Processamento de Dados e atua no Ministério da Saúde desde 1998. No início de 2010 começou sua trajetória no Fundo Nacional de Saúde - FNS, inicialmente à frente da Coordenação-Geral de Contratos e Convênios - CGCC, com o desafio de automatizar os processos de trabalho relativos à formalização e execução orçamentária da modalidade de investimento fundo a fundo e das emendas parlamentares impositivas.

Em 2013, foi convidado para assumir o cargo de Diretor Substituto do Fundo Nacional de Saúde e no final de 2018, foi nomeado Diretor Executivo do Fundo Nacional de Saúde.

A frente do Fundo Nacional de Saúde comandou o processo de transformação digital implementando diversas estratégias de automatização dos processos de transferências de recursos, disponibilização de informações aos gestores do SUS com enfoque na transparência pública por meio de ferramentas como o InvestSUS: Gestão e Cidadão; os Painéis de Informações do FNS e a plataforma Saiba a Fundo, com objetivo de capacitar gestores estaduais, municipais e prestadores de serviços do SUS, no âmbito do financiamento da Saúde Pública Brasileira.